Hastalık sinsi gidişlidir ve başlangıç evresinde belirgin bir klinik tablo görülmez. Halsizlik, iştahsızlık, belirsiz karın ağrıları olur. Bazı olgularda rahatsızlıklar tümörün yerleşimi hakkında fikir verebilir. Onikiparmakbağırsağının ilk bölümündeki kanser, genellikle onikiparmakbağırsağı ülserine çk benzeyen belirtiler verir (karın üst kısmından sırta doğru yayılan ağrı, kanlı dışkı ve kusma, kansızlık gibi). Tümörün büyümesiyle birlikte bulantı, kusma, ve karın gerginliği gibi tıkanma belirtileri de gelişir.
Onikiparmakbağırsağında, safra kanalının (safra bu kanal yoluyla bağırsağa dökülür; koledok) döküldüğü yerde gelişen kanserler genellikle kaşıntı, beyazımsı dışkı ve kanda safra boyalarının artması gibi belirtiler veren tıkanma sanlığı yapar.
Klinikte kanama belirtilerinin ve melenanın (makattan siyah kan gelmesi) görülmesi incebağırsağın jejunum ve ileum bölümlerindeki kanserlerin erken belirtilerindendir. Bunlara daha sonra bağırsak tıkanması bulgulan da eklenir, ama bağırsak delinmesi çok seyrek görülür.
Tanı genellikle ancak kanserin ilerlemiş evrelerinde konduğundan, kötü huylu tümörlerde hastalığın gidişi oldukça umut kırıcıdır.